La provincia de Misiones tiene un clima subtropical, sin estación seca.
El lago formado por la Represa Yacyretá, sobre el Río Paraná afectó el Medio Ambiente de la Región. Garupá fue afectada por el anegamiento de gran cantidad de hectáreas de campos; sobre el río y sobre la gran mayoría de sus cursos de aguas. Ya se hace evidente una especie de microclima que desarrolla un gran porcentaje de humedad ambiente. Polulan los mosquitos y han invadido los caracoles. Las lluvias y chaparrones son frecuentes.
TEMPERATURAS: En el departamento Capital, se registran los promedios, entre mínimas y máximas, más elevados de la provincia.La temperatura media es de 22°. No se registran grandes variaciones de temperaturas. Las heladas ocurren entre junio y agosto y no pasan de cuatro o cinco anuales.
Son frecuentes las nieblas debido a su cercanía con el Río Paraná y por estar rodeado por varios curso de agua que elevan sus vapores y cubren las madrugadas garupenses.
VIENTOS: Se reciben vientos del O. Atlántico, generalmente calurosos y cargados de humedad. Provienen de un Centro Anticiclónico. Los vientos predominantes son del Norte. También soplan los del Sur.
No son frecuentes los vientos huracanados. Las elevaciones, ubicadas paralelamente al R. Paraná, en la desembocadura del Garupá, y las de la zona de Sur del municipio, sirven de barrera contra los vientos fuertes, ya sean del Sur o del Norte.
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